哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發俄島。他們發現島上出現的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府攔截，但那時金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？

中学理科老师矢的猛（长谷川初范饰）是一名心中充满了正义感和责任感的有志之士，对于曾经四处作恶搅得人心惶惶的怪兽，矢的猛深信其实是来自于人类的负能量造就了它们，因此，作为一名老师，矢的猛一直都致力于教导